钙既对大豆生长发育有营养作用，还能够中和土壤酸性。钙是细胞壁的组成成分，能促进细胞的分裂。钙一旦被植物吸收，在植物体内不易移动，钙在大豆叶和叶柄中含量较高，籽粒中含量较低。在开花期间缺乏钙落花落荚率高。缺钙大豆生长发育受到抑制，顶芽、茎端、根尖出现坏死。
镁是叶绿素的组成之一，缺镁叶绿素不能合成，叶脉间失绿，老叶由边缘开始发黄，沿脉间向里发展。镁是根瘤菌固氮作用所必需的。镁还能促进呼吸作用。并能促进对磷的吸收。
硫是含硫氨基酸的成分，而含硫氨基酸几乎是所有蛋白质的组成成分，因此，硫也是原生质的组成成分。硫是辅酶a的组成成分，辅酶a具有固定能量的作用，并参与氧化还原作用，已知氨基酸、脂肪、碳水化合物等的合成都和辅酶a有关。缺乏硫将影响硫氨酸及蛋白质的合成。